Tindakan sewenang-wenang yang dilakukan VOC di Maluku kembali dilanjutkan oleh pemerintah Kolonial Hindia Belanda setelah berkuasa kembali pada tahun 1816 dengan berakhirnya pemerintah Inggris di Indonesia tahun 1811-1816.Berbagai tindakan yang dilakukan oleh pemerintah Kolonial Hindia Belanda di bawah ini menyebabkan timbulnya perlawanan rakyat Maluku.
Penduduk wajib kerja paksa untuk kepentingan Belanda misalnya di perkebunan-perkebunan dan membuat garam.
Penyerahan wajib berupa ikan asin, dendeng dan kopi.
Banyak guru dan pegawai pemerintah diberhentikan dan sekolah hanya dibuka di kota-kota besar saja.
Jumlah pendeta dikurangi sehingga kegaitan menjalankan ibadah menjadi terhalang.
Secara khusus yang menyebabkan kemarahan rakyat adalah penolakan Residen Van den Berg terhadap tuntutan rakyat untuk membayar harga perahu yang dipisah sesuai dengan harga sebenarnya.
Tahun 1817 rakyat Saparua mengadakan pertemuan dan menyepakati untuk memilih Thomas Matulessy (Kapitan Pattimura) untuk memimpin perlawanan. Keesokan harinya mereka berhasil merebut benteng Duurstede di Saparua sehingga residen Van den Berg tewas. Selain Pattimura tokoh lainnya adalah Paulus Tiahahu dan puterinya Christina Martha Tiahahu. Anthoni Reoak, Phillip Lattumahina, Said Perintah dan lain-lain. Perlawanan juga berkobar di pulau-pulau lain yaitu Hitu, Nusalaut dan Haruku penduduk berusaha merebut benteng Zeeeland.
Untuk merebut kembali benteng Duurstede, pasukan Belanda didatangkan dari Ambon dibawah pimpinan Mayor Beetjes namun pendaratannya digagalkan oleh penduduk dan mayor Beetjes tewas. Pada bulan Nopember 1817 Belanda mengerahkan tentara besar-besaran dan melakukan sergapan pada malam hari Pattimura dan kawan-kawannya tertangkap. Mereka menjalani hukuman gantung pada bulan Desember 1817 di Ambon.
Paulus Tiahahu tertangkap dan menjalani hukuman gantung di Nusalaut. Christina Martha Tiahahu dibuang ke pulau Jawa. Selama perjalanan ia tutup mulut dan mogok makan yang menyebabkan sakit dan meninggal dunia dalam pelayaran pada awal Januari tahun 1818.
Latar belakang perang
Perlawanan pattimura terjadi di sapura, yaitu sebuah kota kecil didekat pulau ambon. sebab-sebab terjadinya perlawanan:
Kembali nya pemerintahan kolonial belanda di Maluku dari tangan Inggris.
Pemerintahan kolonial belanda memberlakukan kembali penyerahan wajib dan kerja wajib yang sudah dihapuskan oleh inggris.
Pemerintahan kolonial belanda mengeluarkan uang kertas sebagai pengganti uang logam yang sudah berlaku di Maluku, yang menambah kegelisahan rakyat.
Belanda mulai menggerakkan tenaga dari kepulauan Maluku untuk menjadi tentara Belanda.
