Berdasarkan cara memperoleh makanan (bahan organik)
- Autotrop
Autotrop berarti mampu menyusun makanan sendiri dari bahan-bahan anorganik. Bakteri autotrop ini dapat digolongkan berdasarkan sumber energinya yaitu fotoautotrop (sumber energi dari cahaya) dan kemoautotrop (sumber energi dari hasil reaksi kimia).
- Heterotrop
Heterotrop berarti tidak menyusun makanan sendiri sehingga dapat memanfaatkan bahan organik yang berasal dari organisme lain. Contoh dari bakteri heterotrop adalah bakteri saprofit, yakni bakteri yang mendapat makanan dengan menguraikan sisa-sisa organisme.
Berdasarkan kebutuhan oksigen
- Bakteri aerob
Bakteri aerob merupakan bakteri yang membutuhkan oksigen bebas untuk mendapatkan energi. Contoh dari bkteri aerob adalah Nitrosomonas, Nitrobacter, Nitrosococcus.
- Bakteri anaerob
Bakteri anaerob merupakan bakteri yang tidak membutuhkan oksigen bebas untuk mendapatkan energi. Contoh dari bakteri anaerob adalah Micrococcus denitrificans.
