Membran sel
Membran sel adalah selaput yang membungkus sitoplasma dengan isinya. Selaput tersebut letaknya berada di dalam dinding sel akan tetapi tidak terikat erat dengan dinding sel. Membran sel ini sangat vital karena bagian ini merupakan batas antara bagian dalam sel dengan lingkungannya. Apabila membran sel pecah maka sel bakteri akan mati. Membran sel tersebut memiliki dua lapis molekul fosfolipid. Pada lapisan fosfo-lipid tersebut mempunyai senyawa protein dan karbohidrat dengan kadar berbeda-beda pada berbagai sel bakteri.
Ribosom
Ribosom adalah bagian sel yang memiliki fungsi sebagai tempat sintesa protein. Bentuk ribosom in berupa butir-butir kecil dan tidak diselubungi membran. Ribosom ini tersusun dari protein dan RNA.
DNA (Deoxyribonucleic Acid)
DNA adalah suatu materi genetik yang terdapat dalam sitoplasma. DNA bakteri ini berupa benang sirkuler yang berfungsi untuk mengendalikan sintesis protein bakteri dan pembawa sifat. DNA bakteri yang letaknya pada bagian menyerupai inti yang disebut nukleoid. Bagian ini tidak mempunyai membran yang seharusnya dimiliki oleh inti sel eukariotik.
Dinding sel
Dinding sel bakteri tersusun dari makromolekul peptidoglikan yang terdiri atas monomer-monomer tetrapeptidaglikan. Berdasarkan susunan kimia dinding selnya, bakteri dibedakan atas bakteri gram-positif dan bakteri gramnegatif. Susunan kimia dinding sel bakteri gram-negatif memang lebih rumit bila dibandingkan dengan bakteri gram-positif. Dinding sel bakteri grampositif hanya tersusun dari satu lapis peptidoglikan yang relatif tebal, adapun dinding sel bakteri gram-negatif terdiri dari dua lapisan. Lapisan luarnya tersusun dari protein dan polisakarida, lapisan dalamnya tersusun atas peptidoglikan yang lebih tipis dari lapisan peptidoglikan pada bakteri gram-positif.
Flagel
Flagel adalah alat gerak bagi bakteri, akan tetapi tidak semua gerakan bakteri dikarenakan oleh flagel. Flagel berpangkal pada protoplas dan tersusun dari senyawa protein yang dinamakan flagelin, sedikit karbohidrat dan pada beberapa bakteri terdapat lipid. Jumlah dan letak flagel pada tiap bakteri bermacam-macam ada yang satu, dua, atau lebih, dan letaknya dapat di ujung, sisi, ataupun pada seluruh permukaan sel. Jumlah dan letak flagel dapat dijadikan sebagai dasar penggolongan bakteri.
Pilus
Pada permukaan sel bakteri gram-negatif terkadang terdapat banyak bagian seperti benang pendek yang disebut pilus. Pilus adalah alat lekat sel bakteri dengan sel bakteri lain atau dengan bahan padat lain.
Kapsul
Kapsul adalah lapisan lendir yang menyelimuti dinding sel bakteri. Biasanya kapsul tersusun dari senyawa polisakarida, polipeptida atau protein-polisakarida. Kapsul berfungsi untuk perlindungan diri terhadap antibodi yang dihasilkan oleh sel inang. Oleh krena itu, kapsul hanya diperoleh pada bakteri pathogen.
Endospora
Pembentukan endospora pada bakteri merupakan cara bakteri mengatasi keadaan lingkungan yang merugikan baginya. Keadaan lingkungan yang merugikan misalnya seperti panas, dingin, kering, tekanan osmosis dan zat kimia tertentu. Apabila kondisi lingkungan membaik maka endospora akan tumbuh menjadi sel bakteri. Endospora bakteri tidak akan berfungsi sebagai alat perkembangbiakan akan tetapi sebagai alat perlindungan diri.
