Mengenai proses berkembangnya agama dan kebudayaan Hindu Budha di Indonesia, menimbulkan beberapa teori. Salah satu teori yang tercatat dalam buku-buku sejarah yaitu teori kolonisasi. Dalam teori ini menjelaskan bagaimana proses masuk dan berkembangnya agama dan kebudayaan Hindu Budha di Indonesia dengan melihat kegiatan dari orang-orang India dalam menyebarkan pengaruhnya di Indonesia.
Teori kolonisasi ini terbagi dalam beberapa hipotesis yaitu :
Hipotesis Waisya
Dalam hipotesis waisya yang dikemukakan oleh N.J. Krom menjelaskan jika proses masuknya kebudayaan Hindu Budha melalui hubungan dagang antara India dan Indonesia. Para pedagang India yang berdagang di Indonesia disesuaikan dengan angin musim. Apabila angin musim tidak memungkinkan mereka untuk kembali, maka dalam waktu tertentu menetap di Indonesia. Dalam kurung waktu yang tidak menentu, sehingga memungkinkan para pedagang dari India melakukan pernikahan dengan orang pribumi. Olehnya itu N.J. Krom, berpendapat dari sini penganut kebudayaan India menyebar dan menyerap dalam kehidupan masyarakat Indonesia.
Namun, teori ini mempunyai kelemahan, yaitu para pedagang yang termasuk dalam kasta Waisya tidak menguasai bahasa Sanskerta dan huruf Pallawa yang umumnya hanya dikuasai oleh kasta Brahmana. Namun, bila memiliki peninggalan prasasti yang dikeluarkan oleh kerajaan-kerajaan Hindu Budha di Indonesia, sebagian besar menggunakan bahasa Sanskerta dan berhuruf Pallawa.
Dengan demikian, muncul pertanyaan “para pedagang India mungkinkah akan mampu membawa pengaruh kebudayaan yang sangat tinggi ke Indonesia, sedangkan di daerahnya sendiri kebudayaan tersebut hanyalah milik kaum Brahmana ?”. Selain itu terdapat kelemahan yang lain dalam hipotesis ini yaitu dengan melihat peta persebaran kerajaan-kerajaan Hindu-Budha di Indonesia, lebih banyak berada di pedalaman. Namun, apabila pengaruh tersebut dibawa oleh para pedagang india, tentunya pusat kerajaan Hindu-Budha akan lebih banyak berada di pesisiran pantai.
Hipotesis Ksatria
Adapun beberapa ksatria dalam hipotesis ini, antara lain :
(1) C.C Berg, mengemukakan bahwa golongan yang turut menyebarkan kebudayaan Hindu-Budha di Indonesia adalah para petualang yang sebagian besar berasal dari ksatria. Para ksatria ini ada yang terlibat konflik dalam masalah perebutan kekuasaan di Indonesia.
(2) Mookerji, dia mengatakan bahwa golongan ksatria (tentara) dari India yang membawa pengaruh kebudayaan Hindu-Budha ke Indonesia. Para kstaria ini kemudian membangun koloni-koloni yang pada akhirnya berkembang menjadi sebuah kerajaan. Kemudian Para koloni ini mengadakan hubungan perdagangan dengan kerajaan-kerajaan di India untuk membangun candi-candi di Indonesia.
(3) J.L Moens, dia mencoba menghubungkan proses terbentuknya kerajaan-kerajaan di Indonesia pada awal abad ke-5 dengan sistuasi yang terjadi di India pada abad yang sama. Perlu diketahui bahwa sekitar pada abad ke-5, banyak di India Selatan terdapat kerajaan-kerajaan yang mengalami kehancuran. Ada diantaranya para keluarga kerajaan tersebut, yaitu para ksatrianya yang melarikan diri ke Indonesia. Mereka ini selanjutnya membangun kerajaan di kepulauan Nusantara. Kekuatan hipotesis ini terletak pada kenyataan bahwa semangat berpetualangan pada saat itu umumnya dimiliki para ksatria (keluarga kerajaan).
Sementara itu, kelemahan hipotesis yang dikemukakan Berg, Moens, dan Mookerji yang menekankan pada peran ksatria India dalam proses masuknya kebudayaan India ke Indonesia terletak pada hal-hal sebagai berikut :
(1) Para ksatria tidak menguasai bahasa sanskerta dan huruf pallawa
(2) Apabila daerah Indonesia pernah menjadi daerah taklukan kerajaan-kerajaan India, tentunya ada bukti prasasti yang menggambarkan penaklukannya tersebut. Akan tetapi, baik di India maupun di Indonesia tidak ditemukan prasasti tersebut.
Hipotesis Bramana
Hipotesis brahmana ini menyatakan bahwa tradisi India yang menyebar ke Indonesia dibawah oleh golongan brahmana. Pendapat ini dikemukakan oleh J.C. Van Leur. Berdasarkan pada pengamatannya terhadap sisa-sisa peninggalan kerajaan-kerajaan yang bercorak Hindu-Budha di Indonesia, terutama pada prasasti-prasasti yang menggunakan bahasa sanskerta dan huruf pallawa, maka sangat jelas itu adalah pengaruh brahmana.
Sehingga dengan itu, dia berpendapat bahwa kaum brahmanalah yang menguasai bahasa dan huruf itu, sehingga pantas jika mereka yang memegang peranan pentingg dalam proses penyebaran agama dan kebudayaan Hindu-Budha di Indonesia. Akan tetapi, bagaimana mungkin kaum brahmana bisa sampai ke Indonesia yang terpisahkan dengan India oleh lautan, sehngga ini menjadi kelemahan hipotesis ini.